「日本プロテオーム学会誌」投稿規程
「日本プロテオーム学会誌」（英名，「Proteome Letters」）（以下，本誌）は，日本プロテオーム学会が発行する和文誌で，日本プロテオーム学会編集委員会（以下，編集委員会）の責任のもと，プロテオミクス及びその関連分野の発展に寄与するために編集される。
- 論文の種目
- 本誌掲載論文の種目は，下記の通りに区分する（別表1参照）。
一般論文：独創性・新規性があり，かつ，価値ある事実あるいは結論を含む論文をいう。 - 短報：断片的な研究ではあるが，新しい事実や価値のある結論を含む短い論文をいう。
- 総合論文：ある主題に関する著者の研究業績を，これまでに公表した数編の論文の内容を中心にとりまとめて体系化し，新たに執筆された論文をいう。
- 総説：プロテオミクス及びそれに関連する分野の研究動向を総合的に，体系的に論じたものをいう。
- テクニカルレポート：技術・方法・機器・試薬・プロトコル等の開発，改良等に関する知見やデータを報告する論文をいう。ただし，知見やデータが二次的情報であっても構わない。
（一般論文と短報は原著論文であり，総合論文，総説及びテクニカルレポートは総説型論文である。総説型論文の投稿は，原則として編集委員会の承認によるものとする。） - 投稿原稿の準備
- 投稿原稿の作成は下記によるものとする。
投稿原稿は電子ファイルの提出を求めるので，Microsoftのアプリケーション「Word」を用いて作成する（日本プロテオーム学会のホームページよりその雛形ファイルをダウンロードできる，テンプレートのダウンロード）。その印字形式はA4判用紙 34字 × 32行とし，上下左右マージンをそれぞれ30 mm以上に設定する。原稿には通し番号（頁数）及び行番号を記す。投稿原稿は日本語で横書きとする。専門用語等を外国語で記す場合はアルファベットを用い，数字はアラビア数字を用いる。SI単位系 [m，kg，s (秒), A, K, mol, Hz, V, °C…] やこれらと併⽤される⾮SI単位系 [min (分), h (時間), d (⽇), L (リットル) …] を基本に⽤いる。 - 投稿原稿の構成：原稿の構成は，①表紙，②和文要旨，③本文，④表，⑤図の表題と説明，⑥図，⑦英文要旨とキーワード，とする。ただし，論文の構成上，表または図がないものもあり得る。
- ①表紙：論文の種目（一般論文，短報，総合論文，総説），題名，著者名，研究の行われた機関名，同所在地，連絡代表者（著者名右肩に＊印を付す）のE-mailアドレスを記載する。所属機関が複数あるときは，例えば，著者名の右肩に上付きで1，2，3…と番号を付し，番号ごとの所属機関名をすべて記載する。
- ②和文要旨：要旨は論文の要点を明示した400字程度のものとする。要旨内では改行しない。図，表，文献等は引用しない。
- ③本文：原著論文の本文には，「1 序論」，「2 方法」，「3 結果」，「4 考察」，「文献」の項目を大見出しとして付けて記載する。必要に応じて「5 結論」や「謝辞」の項目を「文献」の前に加えることができる。また，「3 結果」と「4 考察」を組み合わせて，「3 結果と考察」とすることもできる。総説型論文の本文には，「2 方法」，「3 結果」，「4 考察」の項目を大見出しとして記載する必要はない。ただし，「1 序論」，「N 結論（Nは通し番号）」及び「文献」の項目の記載は必須とする。本文枚数の目安は次の通りである。ただし，２.２）に示す④表及び⑥図は1点につき0.3枚として本文の枚数に含めて計算する。
・ 一般論文・テクニカルレポート 12枚以内
・短報 6枚以内
・総合論文・総説 25枚以内
（規定以上に長い論文でも編集委員会で認めた場合に限って掲載することがある。） - 本文中の大見出し，中見出し，小見出しはpoint systemとし，1，2，3…，2-1，2-2，2-3…，2-1-1，2-1-2，2-1-3…と記載する。原則として，「1 序論」，「N 結論（Nは通し番号）」には中見出し，小見出しは記載しない。
- 専門用語は「プロテオミクス辞典（日本プロテオーム学会編）」（講談社）による。
- 化合物名は原則としてIUPAC命名法に従い，日本語で記載する。ただし，元素記号及び簡単な無機化合物の化学式は用いてもよい。
- 略語を要旨及び本文に用いる場合には，それぞれ初出の時点で定義する。その場合，正式の名称の後に略語を（ ）内に付記する。題名，要旨及び本文において定義をせずに用いることのできる略語を別表2に示す。
- 外国の人名，会社名等は原則としてアルファベットで表記する。
- 本文中に引用する人名は姓だけとし，アルファベットで表記する。敬称は付けない。著者が複数の場合，第一著者の姓のみを引用し，その他は略して「・・・ら」で記す。
- 図及び表を本文中で引用する場合は，Fig. 1，Table 1…と記載する。
- 引用文献番号は本文中の出所順にその項目の右肩に上付きで1),2)，または3件以上の文献を引用する場合は，3)~5)のように通し番号を記載する。
- 引用文献は本文の末尾に「文献」の項目でまとめて記載する。記載法は⽶国⽴医学図書館（NLM）が刊行している”CITING MEDICINE, 2nd Edition The NLM Style Guide for Authors, Editors, and Publishers”（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7256/）に準拠することとする。
例 雑誌：著者名（全員）. 表題. 雑誌名. 西暦年号;巻数:初頁-終頁.
- Kinoshita E, Kinoshita-Kikuta E, Koike T. Separation and detection of large phosphoproteins using Phos-tag SDS-PAGE. Nat Protoc. 2009;4:1513-1521.
- 木下英司, 木下恵美子, 小池透. Phos-tag電気泳動を用いた高分子量リン酸化タンパク質の質的・量的変動モニタリング. 生化学. 2010;82:857-862.
なお，著者が4名以上の場合には，筆頭著者3名を記した後，「ら」（英語表記の場合は「et al.」）を付し，以下の著者名を省略することができる。 - Kinoshita E, Kinoshita-Kikuta E, Takiyama K, et al. Phosphate-binding tag, a new tool to visualize phosphorylated proteins. Mol Cell Proteomics. 2006;5:749-757.
- 木下英司, 木下恵美子, 青木悠里ら. キナーゼプロファイリングのための新しいリン酸アフィニティー電気泳動法. 生物物理化学. 2007;51:199-206.
- Kinoshita-Kikuta E, Kinoshita E, Koike T. Phos-tag technology for kinomics. In: Kraatz H-B, Martic S, editors. Kinomics: Approaches and applications. Weinheim: Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA; 2015. p. 195-210.
- 木下英司, 木下恵美子, 小池透. Phos-tagゲルによるリン酸化タンパク質の分離・同定法. In: 中村和行，西尾和人，西村俊秀，編. 臨床プロテオミクス バイオマーカー探索から個別化医療へ. 東京: 金原出版; 2012. p. 271-274.
- 表：表は原則として英文で作成し，本文とは独立させる。表には縦罫線を用いない。表題は表の上部に，説明は表の下部にそれぞれ記載する。
- 図の表題と説明：図の表題及び説明は原則として英文で作成し，本文及び図とは独立させて，まとめて図の前に付ける。図を転載する場合は，その転載許可を著者において取得し，その旨を当該箇所に明記すること。例えば，次の通りである。
Fig. 1 Schematic diagram of analytical system
1: DW; 2: EtOH; 3: MeOH; 4: DMSO. Reprinted with permission from Ref. 16 © (2014) Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.
日本プロテオーム学会は著者の無断転載等によって生じるすべての損害に関してその責を免れる。 - 図：オンライン発行用の原図として不適当な場合は書き改めが求められることがある。図は英文で作成し，A4判用紙の1頁に一つの図を貼り付ける。図の番号及び第一著者名を左下に記載する。カラー図も掲載可能である。
- 英文要旨：英文要旨は本文と独立に理解できるように，本文中で定義した記号，略語等は改めて定義する。本文中の図，表，文献等は引用しない。英文要旨の構成は，①題名，②著者名（名が先，性は後，頭文字は大文字），③連絡代表者のE-mailアドレス，④研究の行われた機関名（正式な英語名称を記載），⑤英文要旨の本文（250単語以内），⑥キーワード（英文要旨の末尾に論文内容を的確に表すキーワード（5個以内，キーフレーズを含む）を英文で記載する（アルファベット順）。各キーワードをセミコロンで区切る。
記載例
Keywords: mass spectrometry; phosphoproteomics; phosphorylation; post-translational modification; two-dimensional electrophoresis. - 投稿に際しての注意事項
原稿の投稿に際しての注意事項は下記の通りである。 - 投稿原稿における研究については，ヘルシンキ宣言，実験動物の飼養及び保管等に関する基準（昭和55年3月，総理府告示第6号），各機関，施設あるいは専門研究分野で定められた実験並びに研究指針及び基準等を遵守したものでなければならない。
- 投稿原稿における研究内容に関して，本文「文献」の項目の直前に著者らの利益相反状態について開示，記載しなければならない。開示すべき利益相反状態が無い場合もその旨を記載するものとする。
- 採否が決定するまで，投稿した論文と同一主旨の論文を他誌に投稿することは禁⽌する。また，他誌に投稿中の論文は受け付けられない。
- 投稿資格として，日本プロテオーム学会の会員，非会員を問わない。
- 投稿に当たって著者は50,000円を投稿料として負担する。ただし，第一著者，または連絡著者（corresponding author）が日本プロテオーム学会の会員，あるいは編集委員会より投稿依頼のあった著者の場合，その負担は免除される。
- 原稿は，２.２）の①〜⑦を一つのPDFファイルとして，E-mailにて本誌編集事務局（proteomeletters@jhupo.org）へ投稿すること。ただし，１度のメール容量は10 MBまでに収めること。10 MBを超える場合は，編集事務局に相談すること。編集事務局の連絡先は上記のメールアドレス。
- 原稿の受付月日（Received）及び受付番号は，E-mailで連絡著者に通知する。
- 原稿の執筆，体裁，投稿，送付方法等に関し疑問のある場合，または原稿投稿後10日以内に受付通知がない場合には，上記の本誌編集事務局に問い合わせること。
- 論文の審査
- 論文の審査は学会誌に関する規定に従って編集委員会が行い，編集委員長は著者に審査結果を通知する。
- 審査の結果改定を求められた論文が，結果通知後に再投稿された場合の改定原稿の最終受付日を改定稿受付月日（Revised）とする。
- 審査の結果掲載が決定された場合，編集委員長は著者に掲載決定を通知する。その通知日を受理受付月日（Accepted）とする。
- 受理された論文は，最終原稿（Wordで作成したファイル）と図（カラー 300 dpi，グレースケール及び線画 600 dpi）の電子ファイルを上記の本誌編集事務局に提出する。
- 校正及び正誤訂正
- オンライン発行前の初校は著者，再校以後は編集委員会が行うことを原則とする。
- 著者の初校は印刷上の誤り以外の訂正はできない。
- オンライン発行後6ヶ月以内に著者からの訂正の申し出があった場合は，次のように取り扱われるものする（7ヶ月以上経過後の著者からの申し出は一切受け付けない）。
- 印刷上の誤りについては，その旨を記載した訂正文等を掲載する。
- 印刷上の誤り以外の訂正，追加等は一切認めない。
- 著作権と掲載料等
- 本誌に掲載されることが決定した論文等の著作権は日本プロテオーム学会に帰属する。
- 本誌に掲載されることが決定した後，図表を含めた掲載内容を他の出版物に転載，転用，改変する場合は，予め許可を受ける必要があるので，上記の本誌編集事務局に問い合わせること。編集委員長が適当であると認めた場合は，転載，転用，改変が許可される。その場合でも，本誌掲載前での他の出版物での公開は認められない。
- 掲載が決定された論文の掲載料等，編集，発行に必要な経費を請求することはない。ただし，別刷は希望者のみへの実費頒布とし，希望部数（最小50部以上10部単位）を著者校正の際に所定の申込書で注文できる。
別表１ 掲載論文の各種目分類の目安
| 論文種目 | プロテオミクス及び関連分野の発展に寄与する | 技術的に新しい，あるいは，技術の応用によって得られた結論に価値がある | データが完備している | データが断片的である | 投 稿 | 最大原稿枚数の目安*2 |
| 一般論文 | ◯ | ◯ | ◯ | 通常形式 | 12 | |
| 短 報 | ◯ | ◯ | ◯ | 通常形式 | 6 | |
| 総合論文 | ◯ | 著者のある主題に関する研究業績をとりまとめて体系化したもの | 編集委員会の承認*1 | 25 | ||
| 総 説 | ◯ | プロテオミクス及びそれに関連する分野の研究動向を総合的，体系的に論じたもの | 編集委員会の承認*1 | 25 | ||
| テクニカルレポート | ◯ | 技術・方法・機器・試薬・プロトコル等の開発，改良等に関する知見やデータの報告 | 編集委員会の承認*1 | 12 | ||
*1通常の投稿も受け付けるが，その場合，編集委員会が認めたものに限る。
*2「日本プロテオーム学会誌」投稿規程の２. ５ 参照。
別表2 題名，要旨及び本文に用いることのできる略語
| AAS | atomic absorption spectrometry |
| ACES | 2-[(2-amino-2-oxoethyl)amino] ethanesulfonic acid |
| ACN | acetonitrile |
| AES | auger electron spectrometry |
| amu | atomic mass unit |
| ANOVA | analysis of variance |
| APCI | atmospheric pressure chemical ionization |
| API | atmospheric pressure ionization |
| AUC | area under curve |
| BCIP | 5-bromo-4-chloro-3-indolyl phosphate |
| Bis | N,N'-methylenebisacrylamide |
| bp | base pairs |
| BSA | bovine serum albumin |
| %C | cross-linking agent (g/100 mL)/%T |
| CAPS | 3-(cyclohexylamino)-1-propanesulfonic acid |
| CBB | Coomassie Brilliant Blue |
| CCD | charge-coupled device |
| CE | capillary electrophoresis |
| CEC | capillary electrochromatography |
| CFE | continuous flow electrophoresis |
| CHAPS | 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylamonio]-1-propanesulfonate |
| CHCA | a-cyano-4-hydroxycinnamic acid |
| CHES | 2-(N-cyclohexylamino)ethane sulfonic acid |
| CID | collision-induced dissociation |
| CIEF | capillary isoelectric focusing |
| CMC | critical micelle concentration |
| Con A | Concanavalin A |
| CNS | central nervous system |
| cpm | counts per minute |
| CTAB | cetyltrimethylammonium bromide |
| CTL | cytotoxic T lymphocyte |
| CV | coefficient of variation |
| CZE | capillary zone electrophoresis |
| 1D | one-dimensional |
| 2D | two-dimensional |
| Da | dalton (molecular mass) |
| DAPI | 4',6-diamidino-2-phenylindole |
| 2DE | two-dimensional gel electrophoresis |
| DIGE | fluorescence difference gel electrophoresis |
| DGGE | denaturing gradient gel electrophoresis |
| DHB | dihydroxybenzoic acid |
| DMEM | Dulbecco's modified Eagle medium |
| DMF | N,N-dimethylformamide |
| DMSO | dimethyl sulfoxide |
| DNA | deoxyribonucleic acid |
| DTT | dithiothreitol |
| ECD | electron capture dissociation |
| ECL | enhanced chemiluminescence |
| EDTA | ethylenediaminetetraacetic acid |
| EEO | electroendosmosis |
| EGTA | ethylene glycol-bis(ß-aminoethylether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid |
| EKC | electrokinetic chromatography |
| ELISA | enzyme-linked immunosorbent assay |
| EOF | electroosmotic flow |
| ER | endoplasmic reticulum |
| ESR | electron spin resonance |
| ESI | electrospray ionization |
| EST | expressed sequence tag |
| eV | electron volt |
| FAB | fast atomic bombardment |
| FBS | fetal bovine serum |
| FCS | fetal calf serum |
| FDR | false discovery rate |
| FACS | fluorescence-activated cell sorting |
| FITC | fluorescein isothiocyanate |
| FRET | fluorescence resonance energy transfer |
| FT-ICR | fourier transform-ion cyclotron resonance |
| FT-IR | fourier transform-infrared spectrometry |
| GC | gas chromatography |
| GIF | graphic interchange format |
| GO | Gene Ontology |
| GRAVY | grand average of hydrophobicity |
| GSH | glutathione |
| GST | glutathione-S-transferase |
| H&E | hematoxylin and eosin |
| HEPES | N-(2-hydroxyethyl)piperazine-2'-(2-ethanesulfonic acid) |
| HPCE | high-performance capillary electrophoresis |
| HPLC | high-performance liquid chromatography |
| HRP | horseradish peroxidase |
| HSA | human serum albumin |
| HSP | heat shock protein |
| HTML | hypertext mark-up language |
| HUPO | Human Proteome Organisation |
| ICAT | isotope-coded affinity tag |
| ICP | inductively coupled plasma |
| ICR | ion cyclotron resonance |
| id | inside diameter |
| IEF | isoelectric focusing |
| Ig | immunoglobulin |
| IMAC | immobilized metal affinity chromatography |
| IP | immunoprecipitation |
| IPG | immobilized pH gradient |
| IPI | international protein index |
| IPTG | isopropyl-b-D-thiogalactopyranoside |
| IR | infrared spectrometry |
| IRB | institutional review board |
| ITMS | ion trap mass spectrometry |
| iTRAQ | isobaric tag for relative and absolute quantitation |
| JHUPO | Japanese Human Proteome Organisation |
| JPrOS | Japanese Proteomics Society |
| kbp | kilobase pairs |
| kDa | kilodalton (molecular mass) |
| LC | liquid chromatography |
| LED | light-emitting diode |
| LOD | limit of detection |
| LOQ | limit of quantitation |
| mAb | monoclonal antibody |
| MACS | magnetic-activated cell separation |
| MALDI-MS | matrix-assisted laser desorption/ionization-mass spectrometry |
| Mbp | megabase pairs |
| MES | 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid |
| MHC | major histocompatibility complex |
| MOPS | 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid |
| Mr | relative molecular mass (dimensionless) |
| MRM | multiple-reaction monitoring |
| MS | mass spectrometry |
| MS/MS | tandem mass spectrometry |
| MudPIT | multidimensional protein identification technology |
| m/z | mass-to-charge ratio |
| NBT | nitroblue tetrazolium |
| NEPHGE | nonequilibrium pH gradient electrophoresis |
| NIH | National Institutes of Health |
| NMR | nuclear magnetic resonance |
| NP-40 | Nonidet P-40 |
| od | outside diameter |
| OD | optical density |
| ORF | open reading frame |
| PAGE | polyacrylamide gel electrophoresis |
| PBMC | peripheral blood mononuclear cell |
| PBS | phosphate-buffered saline |
| PCA | principal components analysis |
| PCR | polymerase chain reaction |
| PEG | polyethylene glycol |
| PFU | plaque-forming units |
| pI | isoelectric point |
| PMF | peptide mass fingerprinting |
| PMSF | phenylmethylsulfonyl fluoride |
| PMT | photomultiplier tube |
| PRIDE | PRoteomics IDEntifications database |
| PRM | parallel reaction monitoring |
| PSD | post-source decay |
| PTFE | polytetrafluoroethylene |
| PTM | post-translational modification |
| PVA | polyvinyl alcohol |
| PVDF | polyvinylidene difluoride |
| PVP | polyvinylpyrrolidone |
| QCM | quartz crystal microbalance |
| Q-TOF | quadrupole time-of-flight |
| RNA | ribonucleic acid |
| RNA-Seq | next generation RNA sequencing |
| RIA | radioimmunoassay |
| ROC | receiver operating characteristic |
| ROS | reactive oxygen species |
| RP | reversed phase |
| rpm | revolutions per minute |
| RT-PCR | reverse transcriptase-PCR |
| SCX | strong cation exchange |
| SD | standard deviation |
| SDS | sodium dodecyl sulfate |
| SEC | size-exclusion chromatography |
| SELDI | surface-enhanced laser desorption/ionization |
| SEM | standard error of the mean |
| SILAC | stable isotope labelling with amino acids in cell culture |
| SIM | selected ion monitoring |
| S/N | signal-to-noise ratio |
| SPE | solid-phase extraction |
| SPR | surface plasmon resonance |
| SSCP | single-strand conformation polymorphism |
| ssDNA | single-stranded DNA |
| SRM | selected-reaction monitoring |
| %T | total gel concentration (acrylamide plus cross-linking agent; g/100mL) |
| TBS | Tris-buffered saline |
| TEMED | N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine |
| TFA | trifluoroacetic acid |
| THF | tetrahydrofuran |
| TIC | total ion current |
| TLC | thin-layer chromatography |
| TOF | time of flight |
| Tris | tris(hydroxymethyl)aminomethane |
| URL | uniform resource locator |
| UV | ultraviolet |
（2016年７⽉改訂）